本保護區位在南澳，谷風間東向陡坡面，約自海岸山 - 南山間嶺線至海濱，面積大約五百多公頃，全區地理環境看似單純，實則頗富變化，因為緊臨太平洋，所以在本區下方有海蝕現象，上方則多為裸露岩體及崩積層，擁有多樣的景觀資源。
由於本區的地理環境特殊，為了對生態資源及地形地質景觀資源之利用作進一步的規劃，行政院農委會於民國 89 年 10 月 19 日，公告本區為「觀音海岸野生動物重要棲息環境」。
臺灣自北到南之保護區所連接之「中央山脈保育廊道」，南北綿延達300公里，佔全島面積約17.5﹪。其中棲蘭野生動物重要棲息環境、丹大野生動物重要棲息環境、關山野生動物重要棲息環境乃係為配合中央山脈保育廊道劃設構想，於2000年2月15日新公告之保護區域，目的是填補此廊道於北、中、南所 形成的缺口。
棲蘭山地區仍保持著相當大面積之檜木林，紅檜是台灣最貴重的特有針葉木材之一，也是台灣最巨大的神木樹種，但是經過日據時代和國民政府的連續砍伐，紅檜已經變得非常稀少。為了保護台灣的檜木原始林，並連接「中央山脈保育廊道」，行政院農委會於民國89年2月15日，公告成立『棲蘭野生動物重要棲息環境』。
台灣油杉，為松科植物，陽性樹種，雌雄同株，三月開花，十月成熟，毬果直立；特產台灣台東縣境內之枋寮山（海拔900公尺），大武山附近之大竹溪（海拔 500公尺），與本區（指坪林附近之油杉保護區）呈南北兩端不連續分布。本區台灣油杉多呈樹勢弱之衰老林木，直徑約25～120公分，結實情形尚佳，但種 子多為未授精之空粒，發芽率低，天然更新情形差，有絕滅之虞。為了保護這種台灣特有，又為法定稀有，並且也是冰河孑遺的植物，農業委員會於1986年依照 文化資產保存法公告，設定林務局國有林班地，文山事業區之第28林班(6.76小班)、29 林班(12小班)、40、41林班，為坪林台灣油杉自然保留區。
淡水河與基隆河交匯後，接近竹圍的河段，長有許多的水筆仔，水筆仔是一種少見的胎生植物，也是所謂的紅樹林植物，生長於河口區域、淡鹹水交匯處，伴隨這種植物生存的尚有為數頗多之螃蟹、魚類、蝦和水鳥，構成沼澤生態系。由於此地在過去未有任何保護措施時，常遭非法佔用，甚至傾倒垃圾、廢土，使水質惡 化，生態環境遭受破壞，有鑑於此，民國74年時，政府將其編入保安林管理辦法保護之﹔於民國75年6月，農委會並依文化資產保存法公告設置「淡水河紅樹林 自然保留區」，以確保水筆仔之永續生存。
本區在台北市西北方，關渡平原的西南側，為一典型的河口濕地。這裡的景觀在過去的300年來，經歷了非常大的變化。根據文獻的記載，本區在清朝初年 (約1700年) 為一大片水域，光緒年間 (1875年)，經開墾而為農耕地，至民國54年時 (1965年) 仍為農田。因此區水患頻仍，民國57年政府修建關渡堤坊，以防水患，至此堤坊外的農地逐漸廢耕，加上淡水河出海口附近的河道整治、台北盆地地層下陷、淡水 河抽砂、海水入侵等諸多因素，導致本區形成一片沼澤地。
早期的沼澤區主要植物，為生長於泥質的灘地上的茳茳鹼草和蘆葦所組成，加上大面積的泥質灘地，這些景觀的組合，成為良好的候鳥棲息場所，每年候鳥遷移季節時，常會吸引大批的候鳥於此停棲或渡冬，為台灣北部地區一處非常重要的賞鳥區。為了維護本區豐富的水鳥資源，行政院農業委員會根據文化資產保存法， 於民國75年6月指定關渡堤防以南的55公頃草澤地，公告設立「關渡自然保留區」。這片濕地，在設立為保護區之後，歷經變遷，在短短的20餘年之間，從過 去的整片水田變成草澤，接著變成現在的紅樹林澤。成為孕育許多河口生物的重要棲息環境。
蘇花公路北起宜蘭蘇澳，南達花蓮崇德，沿線整体上屬於斷層海岸地形。蘇花斷層海岸北段自北方澳、蘇澳灣、南方澳陸連島、烏岩角、東澳灣、烏石鼻、至南澳溪口，海岬、海灣交替出現，其中最壯觀秀麗而特具幾何外形的海岬就是烏石鼻了。
烏石鼻位於東澳溪口和南澳溪口之間，是一座向東突出於太平洋的狹長海岬，並且具有非常對稱的鼻狀外形。由於組成岩體為東西向延伸的片麻岩脈，較 周圍的片岩堅硬，於是在差異侵蝕作用下，強者出頭成為海岬，弱者凹入成為海灣。這塊突出的海岬復受到風吹、雨打、尤其是劇烈海浪的沖擊琢磨下，逐漸成形。海岬邊坡陡峭，崖腳及淺石灘上堆積有許多崩落的大石塊，反映著正不斷進行中的劇烈波蝕作用及邊坡崩坍作用。
正因為這裡擁有的遺世獨立的海岬地型景觀，在台灣仍屬罕有，值得重視與保護。於是在83年1月10日，依照文化資產保存法公告，區劃出宜蘭縣蘇澳鎮朝陽村的這塊地方，成為烏石鼻海岸自然保留區，主要保護對象為海岸林和特殊地景，總共面積為347公頃。
本區為一原生闊葉林與天然湖泊 (神秘湖) 的生態環境，面積不大，但四周山脈的屏障，原生林相完整。神秘湖因終年籠罩在雲霧之中而得名，屬於老齡期之高山湖泊，湖底堆積物很厚，水很淺，須賴雨水的補充，在入水口處已有水社柳-九芎組成的森林，湖的周圍更遍佈五節芒所構成的高草區；顯示此湖區為一濕生演替晚期向中生型演進的典型，區內並保有東亞黑三稜、微齒眼子菜等稀有植物。湖泊演替、沼澤植物與森林消長的生態現象，有學術研究和保存的價值。
林務局先成立「南澳自然保護區」。民國81年時，農委會依法公告為「南澳闊葉樹林自然保留區」，使這個區域能在未受到干擾的生態環境裡，發揮生態研究及科學教育的功能。主要保育對象為保護暖溫帶闊葉林、原始湖泊生態系以及稀有動植物。
